Neben anderen Bienenprodukten wird Honig auch in der Naturheilkunde als Heilmittel eingesetzt, z. B. Manukahonig. Nach geltendem deutschen Recht darf für die Heilwirkung von Lebensmitteln nicht geworben werden und so darf Honig nicht als Heilmittel bezeichnet werden.

Honig wirkt leicht entzündungshemmend, so dass Schwellungen, erhöhte Temperatur und lokaler Schmerz zurückgehen. Er fördert das Wachstum von Fibroblasten, wodurch die Wunde gleichmäßiger heilt und es zu weniger Narbenbildung kommt.

Er wird etwa als Wundauflage benutzt, da er leicht antiseptisch wirkt und zudem in Wunden vorhandenes totes Gewebe abbaut. Die antiseptische Wirkung wird unter anderem durch Wasserstoffperoxid erzeugt, das im Honig durch den Abbau von Zucker entsteht.

Es gibt erste experimentelle, zu bestätigende Resultate, dass die entzündungshemmende Wirkung von Honig auf der Wirkung von darin enthaltenen Polyphenolen (Chrysin, Quercetin, Myricetin, Kaempferol, Ellagsäure, Gallussäure und Kaffeesäure) zurückzuführen sind[2].
Daneben werden in neuerer Zeit noch weitere Inhaltsstoffe (z. B. Inhibine) mit positiven Wirkungen erforscht, die unter anderem methicillin-resistente Staphylokokken und vancomycin-resistente Enterokokken abtöten. Spezielle Honigsorten finden daher zunehmend Eingang in die Wundbehandlung.
Naturbelassener Honig oder Honig „aus dem Glas“ eignet sich jedoch nicht zur Wundbehandlung.

Zwar können sich Keime im Honig nicht vermehren, aber es kann nicht ganz ausgeschlossen werden, dass sie als Verunreinigung im Honig vorhanden sind. Der für medizinische Zwecke angewandte Honig wird deshalb vor der Anwendung mit Hilfe von Gammastrahlen sterilisiert.

Im Gegensatz zur thermischen Sterilisation werden hierbei die an der Heilwirkung maßgeblich beteiligten Enzyme nicht zerstört.